基因变异与胃息肉的形成息息相关，具体机制尚不清楚。

幽门螺杆菌能释放多种炎症介质及细胞因子，对胃黏膜造成损伤，刺激胃上皮细胞增生，导致胃息肉产生；处理后，息肉会缩小或消失。

十二指肠液含有胆酸、胰酶，反流入胃内，可损害胃黏膜，并引起胃黏膜的炎症性增生，导致胃息肉产生；同时，大量反流液使胃内pH值升高，使得胃泌素增生，导致增生性息肉产生。

长期服用抑酸药可导致高胃泌素血症，可促进胃腺体囊状扩张，形成胃息肉；胃底腺息肉多与服用该药密切相关，部分该类患者停用抑酸药后胃底腺息肉可消失。

十二指肠液含有胆酸、胰酶，反流入胃内，可损害胃黏膜，并引起胃黏膜的炎症性增生，导致胃息肉产生；同时，大量反流液使胃内pH值升高，使得胃泌素增生，导致增生性息肉产生。

长期服用抑酸药可导致高胃泌素血症，可促进胃腺体囊状扩张，形成胃息肉；胃底腺息肉多与服用该药密切相关，部分该类患者停用抑酸药后胃底腺息肉可消失。

另一方面，烟草烟雾中含有大量的致癌物质可结合DNA形成加合物，干扰细胞复制，影响DNA修复，使胃黏膜发生不可逆转的基因改变，促进息肉的形成。

可损伤胃黏膜，慢性胃炎发生率明显增加，细菌繁殖增加，促进亚硝胺类致癌物质合成，从而增加胃息肉发生的风险。

嗜好进食较多肉类(红肉)、腌制食物、油炸食物，较少进食蔬菜类，高脂血症、肥胖等会增加患胃息肉的风险。

老年人比青年人、男性比女性更易患胃息肉。