胃酸过多

部分功能性消化不良患者的不适症状与胃酸环境异常有关，当患者胃酸分泌增加或对酸的清理能力下降，就可能引起发病。因此部分患者抑酸治疗有效。

幽门螺杆菌感染

胃肠道内的幽门螺杆菌可能会通过影响胃部炎性反应、胃酸分泌、胃肠激素等途径引起症状。

精神心理因素

脑肠轴异常在功能性消化不良发病中的作用越来越受到重视，相比于健康人群，功能性消化不良患者焦虑、抑郁情况更普遍，且经历的离异、丧偶、失业等生活应激事件情况更多。

遗传

内脏敏感性较高

饮食

某些特定食物有可能与功能性消化不良发病相关，如牛奶、豆类、洋葱、香蕉、碳酸饮料可能与腹胀症状有关。

咖啡、奶酪、洋葱、胡椒、牛奶、巧克力等可能与胃灼热症状相关。

此外，饮食不规律、进餐过快、零食代替正餐等不良饮食习惯都可能与本病症状发生有关。