1. 肛周脓肿：这是肛瘘主要的原因。当肛门周围的腺体感染形成脓肿后，如果脓肿自行破溃或切开引流，脓腔逐渐缩小，但由于原发感染灶的存在，炎症持续刺激，容易在皮肤和肛管直肠之间形成慢性感染性管道，即肛瘘。

2. 直肠肛管损伤：比如在肛门直肠手术时，因操作不当造成损伤，伤口感染后可能形成肛瘘。

3. 肛裂反复感染：肛裂伤口长期不愈合，反复发生炎症，向肛管皮下蔓延，也可能形成肛瘘。
4. 结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等特异性炎症：这些疾病会引起肠道炎症，累及肛管直肠周围，导致组织发生坏死、形成脓肿，进而发展为肛瘘。
5. 肛管直肠恶性肿瘤：肿瘤破溃、感染后，也可能形成肛瘘。

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