京杏堂以专科、专病为基础，同时发挥中医各科之间的综合治疗手段，形成和设立了中医内科、儿科、肾病科、肝胆病科、男科、妇科、糖尿病科、疲劳综合征及亚健康专科、健康管理中心、慢性咽炎、肿瘤科、疑难病会诊中心、针灸科、推拿等特色科室。